Il film segue la storia di un gruppo di giovani mutanti. La storia prende il via con una giovane nativa americana di nome Danielle “Dani” Moonstar che fugge dalla sua riserva dopo che è stata distrutta da un tornado e durante la fuga suo padre viene ucciso da un’entità misteriosa. Dani si risveglia in un ospedale gestito dalla Dottoressa Cecilia Reyes. La dottoressa informa Dani che è una mutante e che deve rimanere nella clinica fino a quando avrà imparato a controllare i suoi poteri.