Dopo anni di addestramento nelle arti marziali, i giovani fratelli Tartaruga emergono dal loro covo sotterraneo per salvare la città di New York da un gruppo di criminali che ha preso il controllo delle strade. Con l'aiuto della loro nuova amica April O'Neil, i fratelli useranno tutte le loro abilità per lottare contro un esercito di mutanti e dimostrare il loro valore.