Kong e i suoi protettori sono in viaggio per trovare il luogo di appartenenza del gigante. Insieme a loro c'è Jia, una giovane orfana con la quale ha stretto un legame molto forte. Tuttavia durante il cammino si troveranno inaspettatamente ad affrontare un Godzilla infuriato, che sta seminando distruzione in tutto il mondo. L'epico scontro tra i due titani, istigato da forze invisibili, è solo l'inizio del mistero che giace nel profondo della Terra.